L’Etat du Burkina Faso est le premier partenaire institutionnel de la CAMEG. En effet, il existe une convention qui lie la CAMEG à l’Etat et qui détermine les modalités de collaboration ainsi que les responsabilités et obligations respectives des deux parties. Cette convention permet à la CAMEG d’approvisionner les formations sanitaires publiques en médicaments essentiels génériques.

Aussi la CAMEG signe-t-elle des conventions avec les partenaires techniques et financiers dans le cadre de l’exécution de certains programmes. Ces conventions portent sur les prestations d’achats, de stockage et de distribution des produits de santé.

La CAMEG s’occupe de la gestion des produits des programmes suivants du ministère de la santé : Paludisme, tuberculose, VIH/SIDA, Nutrition, Planification familiale, hépatites, Maladies non transmissibles.

Seul le Programme Elargi de Vaccination (PEV) n’est pas encore intégré à la CAMEG. Les partenaires concernés actuellement sont :
le Fonds Mondial, l’USAID, la Banque Mondiale, Malaria Consortium, l’OOAS, l’UNICEF, l’UNFPA, le PADS, le SP-CNLS, le Ministère de la Santé.